公元前99年，正当司马迁全身心撰写《史记》时，却遇上李陵事件。
贰师将军李广利领兵讨伐匈奴，另派李陵随从李广利押运辎重。李陵带领步卒五千人出居延，与单于遭遇。匈奴以八万骑兵围攻李陵。经过八昼夜的战斗，李陵斩杀了一万多匈奴，结果弹尽粮绝，不幸被俘。武帝本希望他能战死，后听说他却投了降，愤怒万分，询问太史令司马迁的看法，司马迁为李陵辩护。他的直言触怒了汉武帝，汉武帝认为他是在为李陵辩护，讽刺劳师远征、战败而归的李广利，于是下令将司马迁打入大牢。
司马迁的案子落到了当时名声很臭的酷吏杜周手中，杜周严刑审讯司马迁，司马迁忍受了各种肉体和精神上的残酷折磨。不久，有传闻说李陵曾带匈奴兵攻打汉朝。汉武帝信以为真，便草率地处死了李陵的母亲、妻子和儿子。司马迁也因此事被判了死刑。
据汉朝的刑法，死刑有两种减免办法:一是拿五十万钱赎罪，二是受宫刑。司马迁拿不出这么多钱赎罪，毅然选择了腐刑。面对最残酷的刑罚，司马迁痛苦到了极点，但他此时没有怨恨，也没有害怕。他只有一个信念，那就是一定要活下去，一定要把 《史记》写完。
那么宫刑是怎么一回事，宫刑就是阉割男子生殖器，是连同阴囊和阴茎一同割掉，避免以后再长出来，破坏男子生殖机能的一种肉刑。宫刑是肉刑中最重的，仅次于大辟，即杀头。一般人在受宫刑以后，因创口极易感染中风，若要苟全一命，须留在似蚕室一般的密室中，在不见风与阳光的环境里蹲上百日，创口才能愈合。宫刑不但使受宫者肉体痛苦，而且心灵受辱，生不如此。
