嘉靖四十一年（1562年）八月十七日，朱翊钧出生在裕王府，是明穆宗朱载垕的第三子。明穆宗有四子，长子朱翊釴、次子朱翊钤，俱早亡。四子朱翊镠与朱翊钧同为李氏所生。朱翊钧的祖父世宗嘉靖帝晚年迷信道教，“讳言储贰，有涉一字者死”，[7]因此，关于朱翊钧的诞生，没人敢报告嘉靖皇帝，更不敢为之起名字。直到隆庆元年（1567）正月初十日，廷臣上疏请立皇太子，同月十八日明穆宗才为他赐名，叫朱翊钧。明穆宗说：赐你名字，名为钧，是说圣王制驭天下，犹如制器之转钧也，含义非常重大。你当念念不忘。[8]
明神宗朝服像
隆庆二年（1568）三月十一日，因其成为了其父子嗣中最为年长的，故朱翊钧被立为皇太子，正位东宫。朱翊钧的生母李太后身世卑微原是宫人，后来母以子贵才晋升为贵妃。[9]皇太子就是未来的皇帝，将来要治国治民，必须从小接受教育，了解以往帝王承业治国的经验教训，熟悉朝章典故，掌握驾驭臣民的本领。朱翊钧虽然年幼，却很懂得这个道理。明穆宗任命一批大臣为教官，辅导他读书。朱翊钧学习非常用功。其母李氏教子非常严格。朱翊钧小时候稍有懈怠，李太后就将其召至面前长跪。每次遇到讲筵的时候，李太后都令经筵讲官入前亲授。没遇到早朝的时候，五更就到了朱翊钧的寝宫，早早将朱翊钧叫起。[10]由于讲官的尽心辅导，李太后的严格管教，以及朱翊钧本人的刻苦努力，朱翊钧年渐长而学愈进。他自己后来也常常十分得意地说：“朕五岁即能读书。”[4]
冲龄践祚
隆庆六年（1572年）五月二十二日，明穆宗病危，三天后内阁大学士高拱、张居正、高仪被召入宫中。[11]高拱等人进入寝宫东偏室，见明穆宗坐在御榻上，榻边帘后坐着皇后陈氏、皇贵妃李氏，10岁的太子朱翊钧就立在御榻的右边。明穆宗抓住高拱的手，临危托孤，“以全国使先生劳累”。司礼监太监冯保宣读给太子朱翊钧的遗诏： “遗诏与皇太子。朕不行了，皇帝你做。一应礼仪自有该部题请而行。你要依三辅臣并司礼监辅导，进学修德，用贤使能，无事荒怠，保守帝业。”三位大学士受托之后，掩泪而出。[12]五月二十六日，明穆宗即崩于乾清宫。六月初十，皇太子朱翊钧正式即位，次年改元万历。
万历皇帝继位伊始，大学士高拱马上呈进新政五事，要求其御门听政，亲答奏请，面见辅臣，议处要事，且一应章奏览后俱须发送内阁看详拟票，杜绝内批留中。[13]虽然高拱的本意在于“以主上幼冲，惩中官专政，条奏请诎司礼权，还之内阁”[14]，但仍可看出他对于幼年皇帝朝夕训诲的急迫心情，初衷未为不妥。然而当时正值主少国疑之际，“上冲年在疚，拱默受成于两宫，权不自制，惟恐外廷之擅”[15]。在读书方面，朱翊钧也是从一开始就坚持按照祖宗旧制，举日讲，御经筵，读经传、史书。在明朝的众皇帝中，除明太祖朱元璋之外，像朱翊钧那样确实是不多见的。朱翊钧即位后，就按照内阁首辅张居正的建议，每天于太阳初出时就驾幸文华殿，听儒臣讲读经书。然后少息片刻，复回讲席，再读史书。至午饭完毕时始返回宫内。只有每月逢三、六、九常朝之日，才暂免讲读。
