1、定义不同：
办事员是机关工作人员的一种职别，在科员之下，升任科员需要3年以上时间。办事员需要负责打印以分会名义发出的重要文件、工作汇报、会长讲话以及其他重要文字材料。
科员一个科里不是领导的成员，在公务员制度与参照管理的党的机关工作人员的职务与级别为十八级至二十六级。科员其实就是一般工作人员，非领导干部分为八种：巡视员、副巡视员、调研员、副调研员、主任科员、副主任科员、科员、办事员。
根据2019年3月中共中央办公厅印发《公务员职务与职级并行规定》，科员分为：一级科员和二级科员。
2、职务级别不同：科员和办事员均为国家公务员序列的非领导职务，科员比办事员高一个职务级别。非领导职务从高到低，依次为巡视员、副巡视员、调研员、副调研员、主任科员，副主任科员、科员、办事员这八个层次。办事员是最低一级的非领导职务。
3、要求不同：办事员的工资待遇比科员的工资待遇有一定的差距，没有科员工资待遇好。考进公务员序列后，专科学历一般定岗为办事员，本科以上定岗为科员。
4、待遇不同：办事员的工资待遇，相比较于科员，两者有一定的差距。
5、职务晋升要求不同：如果晋升为科员的，应在办事员的岗位上需要工作三年以上；科员晋升为副主任科员的，应在科员的岗位工作三年以上。如果是高学历的，可以不受工作年限的限制，晋升比较快。
