在砍收甘蔗前先选好留种田（块选），到砍收时再进行株选，将那些无病虫害、芽大饱满、茎秆粗壮、节间较密、无气生根、未倒伏的健壮蔗株选留做蔗种。
留种部份要将叶片削去，留下叶鞘保护蔗芽。一般留梢部做种，先将梢部砍至生长点（见鸡蛋黄），然后根据留种量的多少确定留种长度，一般长约50~70cm，在蔗种不足的情况下可适当留长一些。
蔗种最好是即留即种，新鲜蔗种发芽率高。如果留种后不能及时种植，则要将蔗种贮藏起来集中保管，以保持蔗种活力，提高蔗种质量。特别是桂中蔗区，要在霜前留种贮藏。
蔗种贮藏的方法主要有露地贮藏、挖沟贮藏、地窖贮藏和室内短期贮藏等。
（一）露地贮藏
此法保温性能较差，适用于冬季无霜冻，或霜冻期较短、冻害较轻的桂南蔗区和部分桂中蔗区。
1．选择背风向阳、排水良好的安全地方作为贮藏场所。
2．贮藏前先平整疏松地面，然后撒一层石灰，再将蔗种底部切口蘸上（或喷雾）多菌灵或托布津药液（用50％多菌灵或70％甲基托布津可湿性粉剂配成1：500倍）。
3．将蔗种按生长点朝上、底部切口朝下的方法，一捆一捆地整齐竖立堆放好，注意底部切口要与土壤充分接触，以吸收地面水分避免蔗种干枯。
4．蔗种不能横放堆高，以免沤坏种堆中下部的蔗种，同时种堆上部的蔗种也易干枯死芽。
5．种堆不宜过大，一般每堆1000~1500kg左右为宜，过大的种堆易高温烧种。
6．种堆堆好后，四周用碎土培至种堆高约三分之一处，避免雨水入侵种堆，并将湿润碎土撒放在种堆的空隙内以保持蔗种水分，然后在种堆面上覆盖蔗叶或稻草，保温保湿安全贮藏。
（二）挖沟贮藏
此法保温性能较好，适用于冬季温度较低，霜期较长，冻害较严重的桂中蔗区。如果管理得好，贮藏3~4个月后种茎和利用率仍可达80%以上。
1．选好贮藏地点后挖贮藏沟，沟宽70~80㎝，深50~60㎝，长度则根据蔗种的多少及地形而定，一般8~10m。
2．疏松沟底土，按露地贮藏的堆种方法堆种，在种堆内撒放一些湿润碎土以保持蔗种湿润。
3．在种堆上先覆盖一层蔗叶或稻草，后盖一层3~10㎝碎土。盖土时注意将种堆顶部盖成龟背状，同时视种堆的长短间隔留下3~4个通气孔。
4．盖上薄膜，保温保湿，四周开好排水沟。
5．贮藏期间要注意检查堆内温度和湿度，天旱时适当淋水保湿，气温上升时要揭膜打开通气孔散热，寒潮到来时要封闭气孔并盖好地膜防冻。
（三）室内短期贮藏
此法在蔗种较少、贮藏时间短、有室内条件时使用，如果贮藏条件好，一般可贮藏30~50天。
1．在室内地板上铺一层湿润细砂。
2．将已消毒的蔗种竖立整齐堆放，四周覆盖稻草。
3．室内要保持通风，种堆过干时要适当淋水但不能积水。
