一提到倭寇，许多人就想到是日本人，因为中国古代将日本称为“倭”。在许多影视作品中，也就倭寇装扮为日本浪人的样子。不过，通过长期的研究，人们逐渐对倭寇有了更多的认识，倭寇并不等同于日本人，应该等同于海盗，至于这些海盗是日本人还是中国人，这就非常复杂了。
“倭寇”一词最早出现了《高丽史》。1223年，倭人侵犯后高丽王朝，这是历史上第一次出现倭寇。这些倭寇是日本海盗，他们不断侵犯朝鲜半岛，进行抢劫、杀掠活动。
当时，日本正处于南北朝时期，国内比较混乱，经济恶化。而朝鲜半岛对面的对马、壹屿、九州松浦一带的的土地相对贫瘠，凭借农业难以维持生计，于是这一带的渔民、武士、奸商等就铤而走险，专门从事着杀人越货的海盗行径。倭寇的抢劫范围不仅在朝鲜半岛，还在日本沿海，在明朝初期开始到达中国沿海。
明朝初期，张士诚、方国珍的残余势力开始退守沿海，盘踞在各岛屿上，不断对沿海进行骚扰，沦为了海盗。与此同时，这些残余势力还和倭寇取得了联系，双方开始合作，成为了一支非常强盛的海盗集团。《明史纪事本末》说“张士诚、方国珍余党导倭出没海上，焚民居，掠货财，北自辽海、山东，南抵闽、浙、东粤、滨海之区，无岁不被其害。”他们甚至将势力延伸到了南海。
这些海盗基本是流动作战的，明朝无法集中兵力去应付。为了，明朝推行了两大政策：一是“海禁”政策，严禁沿海的居民下海打渔、经商，这样有利于中断沿海居民和海盗的联系；第二，在沿海大规模驻扎军队，修建卫城，既防止海盗突然袭击，又防止沿海居民出海打渔。
最初的倭寇一词专门代指日本的海盗，然而在方国珍、张士诚残余势力和倭寇勾结之后，倭寇一词就开始泛指中国沿海一带的海盗。明朝早期，主要的敌人有北方的蒙古和东南沿海的海盗，并称“北虏南倭”。当时，沿海居民敢私自出海者，就会以“通倭”的罪名来处置。
1401年，日本室町幕府足利义满将军结束了南北朝的分裂局面，完成了日本的统一。随着日本国内局面的不断安定，日本海盗的数量不断减少。与此同时，日本为了恢复经济，增加财政收入，也开始和明朝进行朝贡贸易。在明朝大规模的“赏赐”之下，日本很快渡过了财政危机。在这个时期，中国沿海基本风平浪静，倭患得到减轻。
不过到了明朝中期，倭患又日益严重起来。永乐时期，倭患虽然平静，但是明朝并未放松“海禁”，这对中国沿海一带的经济是一个巨大的打击。尤其是福建一带，地形崎岖，土地贫瘠，农业难以维持生计，“一旦戒严不得下水，断其生路，若辈悉健有力，势不肯缚手困穷，于是所在连结为寇，溃裂以出。”人们为了活命，于是纷纷铤而走险，突破海禁，搞起了走私活动。但是明朝会派遣军队搜捕，于是沿海居民就干脆直接当起了海盗。
明朝就按照惯例，将这些海盗称为“倭寇”，实际上明朝中期的“倭寇”基本都是中国人了。《明世宗实录》记载“动以倭寇为名，其实真倭无几”。与此同时，由于日本海盗“轻生敢斗”，明朝官员闻风丧胆，所以中国的海盗以倭寇为号，“特挟以为号而已，而其实皆中州之人也。”明朝中期的倭寇头目都是中国人，例如王直、徐海、叶亲满、毛海峰、彭老等。
明朝中期，朝廷派遣戚继光等人在沿海肃清倭患。长期以来，我们都以为戚继光击败的是日本海盗，并且将戚继光作为民族英雄的典范。如今，学术界逐渐改变了看法。人们开始认识到，明朝中期的倭寇是沿海居民反抗明朝海禁政策的极端反映。明朝官方后来也深知福建的“倭寇”是海禁造成的，于是在1567年开放了月港，允许沿海居民在月港对外通商，此后福建的“倭患”才平静下来
臣本杭人，顷复家居五载，颇知海寇始末。始以海禁乍严，遂致猖獗。——金都御史张濂
明朝后期，人们对倭寇的认识有了进一步的认识，于是不再笼统地将沿海的海盗称为“倭寇”，而是改称“海寇”。虽然明朝在1567年推行隆庆开关，放松了海禁，但是毕竟只是一口通商，不能满足沿海居民的生计需求。另外，隆庆开关后，也禁止中国商人和日本进行贸易，但是中国沿海最需要的就是和日本贸易。因此，明朝后期的“海寇”势力依然十分猖獗。
明朝后期海寇往往都和日本有很大的联系，他们往往将大本营设置在日本或者东南沿海的岛屿上。例如，明朝末期海寇的头目——郑芝龙，就常常居住在日本，后来郑芝龙以台湾岛为大本营，不断在沿海进行走私活动。著名的民族英雄郑成功出生于日本，他也是海盗。如果郑成功早出生100年，那定会被明朝冠以“倭寇”的称呼。
实际上，明朝的中期、后期的“倭寇”“海寇”也并非明朝官方污蔑的那么没有人性，只会烧杀抢掠。在明朝推行了严厉海禁的时代，正是这些倭寇、海盗沟通了中外之间的经济、文化交流，是他们在明朝严密的罗网之下撕开了一道裂痕，给中国带来白银、玉米、甘薯，甚至欧洲的火炮、基督教和天文知识。著名的倭寇首领——王直就是徽商，他自己曾申辩从未勾结日本浪人和抢劫居民，只是聚众进行了走私活动，他还请求明朝开放海禁，但明朝并未答应。
