晚清时期，国家积贫积弱，边疆危机空前激化。在这其中，尤以沙俄和英国插手的新疆、明治维新后迅速崛起的日本为严重。
同治四年（1865年），浩罕国军官阿古柏入侵新疆，此后得到英国的全力支持，沙俄也乘机出兵侵占伊犁地区。
同治十年，日本以琉球船只被台湾高山族人杀害为借口，出兵台湾，虽未成功，但引起李鸿章等人的高度警惕。李鸿章力主加强海防，大量投入资金，经营台湾，以捍卫东南沿海安全。
海防紧张，新疆塞防又告紧急。在此过程中，因为经费困难，清廷左右为难。
对此，直隶总督李鸿章明确提出，两者万难兼顾，唯有舍塞防，全力经营海防才对。在他同治十三年十一月初四日的奏折中，提出“暂弃新疆，划界自守，将塞防经费挪作海防之用”。在他看来，新疆即使无战争，每年花费兵饷亦有300余万两，“新疆不复，于肢体之元气无作；海疆不防，则腹心之大患愈棘。”
光绪元年二月，李鸿章再次提出，新疆北邻俄罗斯，西接土耳其等诸国，南靠英属印度，这些国家日见强大，即使勉强收复新疆，将来也断难久守。不如命在新疆的清军各守现在边界，把节省下来的军费全部挪作海防之用。
针对李鸿章的意见，左宗棠于光绪三月十五日，提出了一份长篇奏折，表达了自己的观点。他认为，西北自古乃中华重地，当年乾隆开疆2万里，耗费巨大，朝廷上下都有怀疑，但乾隆不为众议所惑，终将新疆纳入版图。当前局势，欲拒俄人，必先平回部；欲收伊犁，必先克乌鲁木齐。重新疆可保蒙古，保蒙古可保京师。若新疆不稳，则蒙古不安，陕甘山西有虑，京师也无法高枕无忧。总之，“东则海防，西则塞防，二者并重”，不可偏废，只是要相机缓急。而且，目前形势，在沿海开战暂无可能，收复新疆却刻不容缓。海防经费本多，塞防经费本少，“是停兵节饷于海防未必有益，于边塞大有所妨。”
李鸿章攻击左宗棠主张出兵新疆，乃是为个人名声，“不顾国家安危”。左宗棠则称：臣本一介书生，承朝廷特殊恩典，破格拨用。且今年已六十有五，正苦日暮途长，又何必贪图天大功过？然而，伊犁既为沙俄所占，阿古柏又大举进攻，如有不主动出击，大局不堪设想。形势所迫，岂容臣有个人之想？
海防塞防之争持续了半年之久。最后，军机大臣文祥采纳了左宗棠的意见，认为收复新疆、南辖回部，北抚蒙古，以备英俄，才是安边的“久远之计”。
于是，左宗棠临危受命，历尽艰辛，克服重重困难，经过数年的时间，最终收复新疆。
在崇厚出使沙俄谈判、收复伊犁失败后，年近七旬的左宗棠再赴新疆统筹军务，他不顾衰病日臻，还把备装遗体的“舆梓发肃州”，以表示会以自己的生命为代价，誓死收复伊犁。后经曾纪泽谈判，终获成功。
海防塞防各有各有道理，各有各的难处，但从当时的客观条件和日后的历史走向来看，如果当时清廷采取了李鸿章的最初主张，日后之中国，乃绝非今日之中国。
另一方面，李鸿章所积极支持的海防工程，也在甲午战争中一败涂地，在日军的进攻之下毫无还手之手，堪称清朝最大的“豆腐渣工程”。
