自忽必烈始，元朝皇帝每年就在这两座都城之间来回巡幸，轮流办公，处理国家大事，这一制度被称为两都巡幸。
对于草原民族而言，逐水草而居，是传统的生活方式，即使在取得了政权之后，他们也常常实行一种叫四季捺钵的制度，按照季节的变化来变化营地，同时处理政务，训练军马。从蒙古人时代，一直到蒙哥汗时代，依旧保持了这种制度，直到忽必烈在开平兴建了都城，蒙古国的政治中心才在真正意义上确定了下来。
就这样，两都巡幸从忽必烈开始成为了元朝历代皇帝重要的任务，每年隆冬刚过，浩浩荡荡的队伍都会从德胜门出发，沿着固定的路线前往上都，到了秋天再从上都返回大都。皇帝巡幸出发的日子更像是大都和上都的节日，每年农历二月十五日起在大都，六月十五日起在上都，都要举行盛大的迎佛仪式和游行活动，称游皇城。
皇帝和后妃、公主、贵臣、近侍全部穿着华丽的服装，坐在彩楼上观看表演，富人商贾争相拿出珍藏的珠宝、奇玩互相夸耀，游行队伍首尾长达三十余里。参与仪式或游行活动的有五千人，所穿衣服和所饰道具均由朝廷发给，队伍因此显得鲜丽整齐，可谓“珠玉金秀，装束奇巧”。往来两都之间的巡幸线路有四条：驿路是一般官员和商人等走的主要通道，设有11个驿站。东路有两条，一条专供监察御史和军队使用，另一条是皇帝的专线，也称为“辇路”，西路皇帝南返大都的路线，也称东出西还。
正是因为这每年的一次往返，元朝的一些重大历史事件就发生在巡幸两都之间的路途中。公元1323年农历八月初四，英宗在结束上都巡幸后启程南返大都。当天夜里，扈从队伍刚刚抵达西道第一站南坡扎营，即发生震惊全国的“南坡之变”。以御史大夫铁失、英宗两位怯薛长失秃儿、也先帖木儿为首的贵族官僚，发动军事政变，杀死英宗皇帝及其亲信大臣。
元朝的历史就这样在皇帝的两都往返中落下帷幕，上都城维持了九十九年。公元1358年，刘福通系的红巾军挥师北伐，攻克上都，一把大火，将这座积百年之力繁荣起来的塞上城市及其宫殿化为灰烬，元朝两都巡幸制自此停摆。
宫阙残破，荒草萋萋，繁盛一时的上都城从此长眠在大草原上，往日的繁华终成追忆。十年后，公元1368年八月初二，朱元璋手下大将徐达带兵北上，攻占大都，更名北平，中国历史又一次改朝换代。
