汉武帝天汉二年（公元前99年），司马迁被汉武帝下令施以“宫刑”。
历代帝皇在收拾文人的时候大都不会手软，什么残忍毒辣的法子都使用过，但对一个整天埋头于整理历史文献资料的文人施行宫刑者，汉武帝刘彻却是唯独一 个。汉武帝为什么这样挖空心思地对待司马迁呢?
司马迁出生在黄河岸边的龙门，是一个典型的关西硬汉， 具有刚强正直的气概。他犯的错，不过是站在客观公正的立场上，为被迫投降匈奴的李陵说了几句公道话，就让汉武帝恼羞成怒了。其他官员也趁机弹劾司马迁，说他执意为叛徒李陵开脱，又有诬陷皇亲李广利之嫌，按照汉朝律令，罪当至死。可汉武帝却不想让司马迁这么痛快地死去，尤其是看到他被判死刑的瞬间竟然也面无惧色，遂决定对司马迁施以“宫刑”。
为了能让司马迁顺利地接受“宫刑”，汉武帝还特别提醒负责此案的酷吏杜周说：“此人性烈，不要让他在受刑前死掉。”他还特意让杜周把可以免除“官刑”的赎金，提高到五十万两的巨额，并派人密切注视那些准备掏钱为司马迁赎罪的人的动向，看谁敢与皇命抗衡。就这样，有钱的人不肯相救，肯救的人却没有钱。在汉武帝的政治高压下，司马迁只有听天由命、任人宰割了。
不能否认，汉武帝在“处置”司马迁的时候，心情确实是很糟糕。李广利的兵败，李陵的投敌，大汉朝的颜面扫地，匈奴军得胜后的欢呼，都让汉武帝感到非常恼火。最重要的是，由于多年的穷兵黩武，民不聊生、国库空虚，大汉朝表面上看起来是风光依旧、兴盛非凡，但实际上是内囊已空。而那一年，齐、楚、燕、赵和南阳等地相继爆发了农民起义，更让汉武帝心情郁闷、心理扭曲。
在这种内忧外患的情况下，脸上无光的汉武帝需要的是同情、支持和顺从，而不是需要别人来指责他的武略方针，更不愿意看到别人怀疑他的雄才大略。这个时候，不懂军事的文人司马迁跳出来不加粉饰地针砭时弊，其下场可想而知。
