由于微生物的种类繁多，对营养物质的需求各不相同，所需要的培养基成分复杂，品种繁多，据不完全统计，目前常用的培养基约有1700余种，而且，随着生物科学的发展，培养基的种类也在不断增加。培养基的分类方法目前尚未统一，一般常按培养基的成分、物理状态、用途等加以区分。
一、按成分分类
1、天然培养基( native medium)
2、合成培养基(synthetic medium)
二、按形态分类
1、液体培养基(liquid nutrient medium)
2、流体培养基(semi-liquid medium)
3、半固体培养基(half-solid medium)
4、固体培养基(solid medium)
三、按用途分类
1、基础培养基(basic media)
2、营养培养基(nutrient media)
3、增菌培养基(enrichment media)
4、选择性培养基(selective media)
5、鉴别培养基(differential media)
6、厌氧菌培养基(anaerobic media)
7、细胞培养液(liquid of culture cellulae)
根据培养基的组成成分，可分为天然培养基和合成培养基两大类。
1、天然培养基(native medium) 含有不完全明了化学成分的天然物质。如蛋白胨、牛肉膏(粉)、肉浸液、玉米浆、血液、马铃薯等。用此类材料配成的培养基很难做到不同批号之间质量的稳定一致，因此在选用原料时务必注明其商品名称、生产厂家及批号，对不同来源的原料应先做小样试验。此种培养基成本较低，细菌繁殖较好，一般细菌培养以选用天然培养基为主。
2、合成培养基(synthetic medium) 由已知化学成分的营养物质组成的培养基。根据微生物对营养要求的不同，可完全由无机盐或化合物组成，如：氨基酸、糖、嘌呤、嘧啶、维生素等，其组成成分已知，只要严格操作，各批次间质量可做到稳定一致。此培养基可用来检测某种营养物或药物对微生物代谢的影响。组织细胞培养液均属合成培养基。合成培养基的成本较高，其价格相当于同类天然培养基的几倍以至于几十倍。只含几种无机盐的合成培养基，仅适用于自养菌的培养，如培养亚硝化细菌、氧化硫杆菌等的培养基。有些培养基大部分成分为已知化学结构的营养物质，其中的个别或少数成分为未明化学成分的必须营养物，成为半合成培养基，如百日咳菌苗生产用的水解酪素培养基。
培养基按其不同的物理状态，可分为液体、流体、半固体和固体4类，培养基的物理状态取决于培养基中是否加人凝固剂或凝固剂的加入量。
1、液体培养基(liquid nutrient medium) 不加任何凝固剂，常温下以完全液态存在的培养基，如肉汤培养基或一般液体增菌培养基。
2、流体培养基(semi-liquid medium) 在液体培养基中加入0.05%~0.1%的琼脂粉，使其具一定黏度，即成流体培养基。加入琼脂粉增加了培养基的黏度，降低空气中的氧气进人培养基的速度，能使培养基保持较长时间的厌氧条件，有利于一般厌氧菌的生长繁殖，如硫乙醇酸盐培养基、改良马丁培养基等。一般用于霉菌和厌氧菌检查的液体培养基中可加人少量琼脂使其成为流体培养。
3、半固体培养基(half-solid medium) 在液体培养基中加人0.2%~0.5%的琼脂粉，加热溶解后冷却即成，以倒置不流动的最软状态为宜，一般供细菌动力试验、菌种传代、保存和储运标本之用。
4、固体培养基(solid medium) 培养基中含有足量的凝固剂(琼脂粉>0.5%)，在常温下能保持固体状态。此类培养基大都用于微生物的分离、纯化、药敏试验及菌苗制造。如营养琼脂、营养斜面、SS琼脂、TCBS琼脂等。此外，还有一些特殊用途的培养基，如用血清或鸡蛋做凝固剂配成的吕氏血清斜面培养基、鸡蛋斜面培养基等。
根据用途不同，培养基可分为基础培养基、营养培养基、增菌培养基、选择性培养基、鉴别培养基、厌氧菌培养基等。
1、基础培养基(basic media) 大多数微生物共同需要的营养基础。某--微生物如有特殊需要，可在此基础上添加某种成分即可，如蛋白胨水、肉汤培养基、营养琼脂等。1%蛋白胨水培养基便是一个最简单的基础培养基，该基础培养基本身可供一般细菌增菌培养和靛基质试验用，若再加入指示剂和糖类，则配成糖发酵培养基，供糖发酵试验用，成为鉴别培养基；若在1%蛋白胨水中增加氯化钠用量并将pH提高到8.6左右，则变成碱性蛋白胨水，用于霍乱弧菌的增菌培养，成为专用增菌培养基。
2、营养培养基(nutrient media) 在基础培养基中添加一些特殊的营养物质，如葡萄糖、血液、血清、酵母浸膏、生长因子等，可供营养要求较高的细菌在其中生长。例如链球菌、肺炎链球菌等需在含血液或血清的培养基中生长；结核分枝杆菌的培养基中须添加鸡蛋、马铃薯、甘油等。最常用的营养培养基是血琼脂平板。
3、增菌培养基(enrichment media) 一般为液体培养基，用于细菌的增菌培养，可泛用，也可专用，在专用增菌培养基中常含有目的菌生长所需要的特殊营养物质或生长因子。
4、选择性培养基(selective media) 选择性培养基含有营养物(增菌剂)和抑菌剂(选择剂)，标本接种于此类培养基后，由于抑菌剂的选择性抑制作用，使非目的菌受到不同程度的抑制，更有利于目的菌的增殖或分离。利用选择性培养基经过一定时间的增菌培养，再接种于选择性鉴别培养基，可以提高目的菌的阳性检出率。抑菌剂的种类很多，常用的有孔雀绿、灿烂绿、亚硒酸钠、去氧胆酸钠、胆盐、四硫磺酸钠、各种抗生素等。抑菌剂的加入量要适宜、准确，有的剧毒，有的不耐高热，配制时须特别注意。
5、鉴别培养基(differential media) 在培养基中加入某一反应底物和指示剂，以区别某些微生物的特性从而鉴别之。又分一般鉴别培养基和选择性鉴别培养基。只用于区别不同微生物种类的培养基称为-般鉴别培养基，此类培养基中一般不加抑菌剂而只含指示剂，如克氏双糖铁培养基，含有葡萄糖及乳糖，以酚红作为指示剂，观察培养基底层与斜面的颜色变化判定细菌对葡萄糖和乳糖的发酵能力，加人柠檬酸铁铵，培养后观察是否产生黑色沉着以判定细菌是否分解蛋白胨中的含硫氨基酸而产生硫化氢；又如伊红-美蓝琼脂，含有乳糖(反应底物)、伊红-美蓝(指示剂)用以鉴别大肠埃希菌、肠道病原菌和其他杂菌。一般鉴别培养基的特点是在配方中都含有指示剂，并可用于区别不同种类的微生物，有些鉴别培养基也可同时作为细菌的特殊需要用来分离培养某些细菌，如胰酪胨大豆琼脂和巧克力色血琼脂。
在培养基中加人某种抑制剂和指示剂，抑制某些细菌生长，促进目的菌的繁殖，并使所生长的细菌菌落具有一定特征，以助鉴别挑选，这类培养基称为选择性鉴别培养基。如SS琼脂，在该培养基配方中含有乳糖(反应底物)、中性红和柠檬酸铁铵(指示剂)、灿烂绿及胆盐等(抑菌剂)。灿烂绿和胆盐等抑菌剂能抑制革兰氏阳性菌及部分大肠埃希菌的生长，而对沙门菌及志贺菌基本无影响，而且大肠埃希菌能发酵乳糖产酸，使菌落变红色，沙门菌和志贺菌不发酵乳糖，其菌落为无色。如细菌产生硫化氢，则与柠檬酸铁铵反应生成硫化亚铁沉淀，菌落中心呈黑色或褐色。以此达到鉴别的目的。
近年来，国内外利用某些细菌特有的酶，选择相应的作用底物，研制出某些细菌专用的显色培养基，用于细菌的分离鉴别，收到了良好的效果，这种显色培养基实际上也是鉴别培养基。其基本原理是将色原(或荧光原)与细菌作用底物的结合物加于培养基中，当细菌含有相应酶时，使该结合物分解而显色(或显示荧光)。如色原糖苷结合物在糖苷酶作用下分解，使糖苷与色原分离，并显示颜色；荧光氨基酸结合物(不显荧光)在氨基肽酶作用下，使氨基酸与荧光物质分离而显示荧光。常用显色的色原有α-萘酚、β-萘酚、邻位硝基酚、对位硝基酚、对硝基苯胺、酚酞、2-氨基4-硝基苯等；常用的荧光物有4-甲基伞形酮(又称7 -羟基4-甲基香豆素)等。目前，显色培养基已用于多种细菌或真菌的分离鉴别培养，如沙门菌、大肠埃希菌、李斯特菌、双歧杆菌和乳酸杆菌、白色念珠菌等显色培养基。
还有一些鉴别性培养基，是利用细菌特有的各种酶系统，能分解利用各种特定的糖、醇、氨基酸或其他基质而产酸、产气、产碱或产生其他可见物质，依此进行细菌的鉴别，例如常用的生化培养基。
用于细菌生化特性试验的培养基特点是在无糖的基础培养基中加人某种特定的基质，并加人指示剂，细菌在此类培养基中的一系列生化反应结果，均通过指示剂最终显示出来。此类培养基为生化反应鉴别培养基。根据用量又可分为常量生化培养基和微量生化培养基。值得注意的是生化试验培养基的某些成分受高温、pH等诸多因素的影响，在配制和使用时，应根据实际情况严格掌握，防止有效成分被破坏，以保障其使用效果。
6、厌氧菌培养基(anaerobic media) 供厌氧菌的分离、培养和鉴别用的培养基，称为厌氧菌培养基。由于厌氧菌自身缺乏有氧代谢所必需的各种酶，如细胞色素和细胞色素氧化酶、过氧化氢酶和过氧化物酶、超氧化歧化酶，所以造成自身代谢的缺陷，无法进行有氧代谢，而无氧酵解所产生的能量又不足，因此厌氧菌在正常的大气环境下不能生长和生存。为使厌氧菌能正常生长，必须制备营养成分丰富，氧化还原电势较低，具有特殊生长因子的专用培养基。
通常用心、脑或其他脏器浸液配制厌氧菌培养基，并常需加入硫乙醇酸钠、半胱氨酸、肉渣、还原铁、活性炭等还原剂或除氧材料。在液体培养基中还可加入刃天青或亚甲基蓝作为氧化还原指示剂，以观察培养基的含氧程度。心、脑浸液、肝块、肉渣中含有不饱和脂肪酸，能吸收培养基中的氧。硫乙醇酸钠、半胱氨酸是较强的还原剂，能消耗溶解在培养基中的氧。干燥的活性炭和脱脂棉同样能吸收培养基中的氧。所以培养基中加入还原剂和吸收材料，目的都是为造成培养基的缺氧环境，使培养基保持较低的氧化还原电势。此外，还可在培养基表面加一层液体石蜡，以隔绝培养基与大气的接触。
7、细胞培养液(liquid of culture cellulae) 是指用于各种目的的体外培养、保存、运输活组织、器官及细胞的液体，实质为人工模拟体内生长的营养环境，使细胞在此环境中有生长和繁殖的能力。由于其成分数量明确并可通过调节某一种成分来观察被研究对象的各种生物学改变，被广泛应用于细胞生物学科的研究。细胞培养液的组成成分主要有水、氨基酸、维生素、碳水化合物、无机离子、生长因子等，这些成分必须通过严格挑选，严格测试后方可使用，所用的水必须达到2级试验用水(CB/T 6682-1992)，所用的器皿必须清洁无污并进行高压灭菌或干烤去热源处理。
