巴拿马运河全长81.3公里，宽150米至304米，是中美洲与南美洲的分界线，它连接了太平洋与大西洋，比绕道阿根廷距离要短一万多公里。当初美国与西班牙在大西洋加勒比海作战，美国西海岸的舰队，从阿根廷绕过来，花了60多天才抵达战区。运河开通后，对美国的意义是不言而喻的。
从世界地图上看，有两条人工水道在大国博弈中颇受青睐，一条是亚非交界的苏伊士运河，另一条便是南北美洲之间的巴拿马运河。苏伊士运河使往来欧亚的船只避免绕行非洲最南端的好望角，而巴拿马运河则使美洲东西两岸的船只免于绕行麦哲伦海峡。鉴于美国的地理位置，事实上自开凿巴拿马运河的构想问世之初，山姆大叔就一直致力于控制这条黄金水道，不过这导致的另一个结果却是拉美国家（尤其是哥伦比亚和巴拿马）的百年苦难。
历史上最早发现巴拿马地峡的是西班牙人，在葡萄牙与西班牙瓜分新世界的计划中，除巴西归于葡萄牙之外，从墨西哥往南的美洲所有地区都是西班牙王国的领地。尽管志得意满的西班牙人站在巴拿马地峡的高山上能够同时望见太平洋与大西洋，但凭借当时的技术条件根本不可能完成这项现代化工程。18世纪末期，拉美地区爆发民族独立运动，西班牙庞大的殖民帝国摇摇欲坠，这使得作为宗主国的西班牙人更不可能将精力浪费在开凿运河上。
也正是在这一时期，包括巴拿马地区在内的拉美国家纷纷独立，此时出现了一个名为新格拉纳达的国家（今天哥伦比亚的前身），而巴拿马即为该共和国下属的一个行政区。此时新格拉纳达已经有了挖通巴拿马地峡的打算，但这样的工程无论在资金还是技术上都不是立国不久的新格拉纳达能够承担的。为了使运河不至于落入单一的列强手中，新格拉纳达同时照会英、法、美、西等多个国家参与运河筹建，可惜除了美国之外，其余国家均反应寥寥。
不过此时的美国先是遭遇经济危机，后又爆发南北战争，纵使有心参与运河工程也是力有不逮，而恰逢此时法国刚刚完成苏伊士运河的修建，这让哥伦比亚（1861年新格拉纳达改称“哥伦比亚”）转而对法国燃起了希望。法国人接手之后成立了巴拿马运河公司，但动工之后才发现巴拿马地峡的自然条件远比苏伊士地峡恶劣得多。由于地处热带雨林区，来自欧洲的四万施工大军进驻之后赫然发现这里简直就是人间地狱，闷热潮湿、交通闭塞和毒虫遍布的状况使得运河工程举步维艰。
而在自然条件不利施工的同时，美国的暗中搅局也导致法国人最终铩羽而归。在此之前，美国支持修建了穿越巴拿马地峡的铁路，但在法国急需铁路输送物资的时候，美国人频频在铁路系统上做手脚，最终法国巴拿马运河公司宣布破产，运河工程无果而终。法国退出之后将运河修建工作转包给美国公司，但哥伦比亚认为自己是主权国家，美国的承包必须同哥伦比亚重新签约，也就是要付更多的钱。显然这令美国倍感愤怒，美国人索性直接出动军队策动巴拿马从哥伦比亚独立，自此哥伦比亚与巴拿马运河再无关系。
独立后的巴拿马自然对美国人感恩戴德，美国趁机攫取了运河两岸16公里宽的狭长地带作为“运河区”。从1914年运河竣工，到1999年巴拿马重获运河所有权，整整85年的时间里“运河区”简直就是“国中之国”。这里不仅充斥着美国驻军，而且巴拿马的行政权力无法渗透至此，所以将近半个世纪以来巴拿马人都在努力收回运河主权。
1977年美国和巴拿马签订《巴拿马运河条约》，规定1999年条约期满之后巴方自动获得运河的管理和防护权力。1999年12月31日，巴拿马运河正式回归巴拿马共和国。
