咽部疼痛的原因一般是因为细菌性咽部疼痛或者细菌性咽部疼痛，病毒性咽部疼痛和其他原因包括干燥空气，过敏，鼻后滴漏，化学损伤，胃食管反流病，吸烟，瘤形成和气管内插管。
一、细菌性咽部疼痛
年轻人肺炎支原体呈现头痛，咽部疼痛和下呼吸道症状。大约75%的患者出现咳嗽，与咽部疼痛感染不同。肺炎克雷伯菌的临床表现与肺炎克雷伯菌相似。咽部疼痛通常在肺部感染之前约1-3周。淋病奈瑟菌是咽部疼痛的罕见原因。仔细的病史检查很重要，因为感染通常在生殖器接触之后，它可能与严重的全身感染有关。
经典的细菌性咽部疼痛临床表现包括发烧，体温； 扁桃体咽部红斑和渗出物等等。链球菌在临床上可能与咽部疼痛感染难以区分。急性肾小球肾炎是链球菌性咽部疼痛极其罕见的并发症，但链球菌性咽部疼痛与急性肾小球肾炎之间的关系尚未建立。急性风湿热并未被描述为两者之一的并发症。它们可能与食源性爆发有关。这些类型的链球菌抗生素治疗的好处目前尚未得到证实。
二、病毒性咽部疼痛
1、腺病毒：腺病毒感染的显着特征是与咽部疼痛相关的结膜炎，这是3岁以下儿童最常见的病因。
2、柯萨奇病毒：这些感染与单纯疱疹相似，并且囊泡可能存在。如果囊泡发白，则称为淋巴结结节性咽部疼痛。柯萨奇病毒可能会导致手足口病，其表现为手和足上有口咽溃疡和囊泡，偶尔也会出现在臀部。口咽溃疡和囊泡在1周内消退。
三、其他原因
口腔鹅口疮是由于念珠菌的物种，通常在免疫功能低下的患者中。对于年幼的儿童来说这可能是常见的，并且在口咽部呈现白色斑块。
一般而言，由于增加抗生素耐药性，不应该在没有阳性培养物或阳性快速抗原检测试验结果的情况下治疗患者。如果根据病史和体格检查临床怀疑咽部疼痛，应进行快速抗原检测试验。如果是阳性，则开始抗生素治疗。患有咽部疼痛感染或猩红热的患者的家庭接触应该治疗整整10天的抗生素，而不仅仅在他们的症状符合咽部疼痛时才进行检测。 无症状的接触不应该被治疗。如果临床怀疑或上述标准未得到满足，最好等待快速抗原或培养结果启动抗生素治疗。
咽部疼痛患儿选择性检测策略并不具备灵敏度和特异性的充分组合，以确定哪些患者应该接受链球菌感染检测。除少数例外情况外，无并发症的咽部疼痛病例不需要咨询。如果出现不寻常的表现或免疫力低下的患者，应咨询传染病专家。
